خوردن دو وعده سوياي خام ، سوي ميلک يا پودر سويا مي تواند سطوح کلسترول را تا 6 درصد کاهش دهد. شيريني هاي داراي سويا ، غلات يا غذاهايي که درآنها پروتئين سويا در درجه حرارت هاي زياد پخته شده چنين تاثيري ندارند. با خوردن پروتئين سوياي خام بصورت دو وعده 340 ميلي ليتري سوي ميلک درروز يا دو وعده 57 گرمي غذاي سرشار از سويا (توفو) ، ال.دي ال (کلسترول بد که مي تواند باعث بيماري قلبي شود) را 8 تا 9 درصد کاهش مي دهد. اين تاثير مفيد در محصولات ديگر سويا مانند آجيل سويا ، پودر سويا نيز يافت مي شود. پروتئين سويا فعاليت گيرنده هاي ليپو پروتئين کم دانسيته (ال.دي.ال) را بويژه در کبد و فعاليت آنزيم هاي تجزيه کننده کلسترول را افزايش مي دهد. پختن ، اسيدهاي آمينه موجود در پروتئين سويا را بهم مي ريزد و خاصيت مفيد آن از دست مي رود.